הסרט הזה מתכתב עם "משל המערה" של אפלטון. המשל אומר כך: יושבים אסירים במערה, כבולים לעמוד ופניהם לקיר. אינם יכולים לזוז ממקומם, להפנות ראשם או לראות דבר מלבד קיר המערה ואינם זוכרים דבר מהעולם שבחוץ. מאחוריהם יש מדורה המטילה את צלליה על הקיר שלפניהם וכל אשר הם רואים, כל המציאות שלהם, כל עולם המושגים שלהם, כולם עשויים מצללים על קיר המערה. מלבד זה אין דבר. 

נשאלת השאלה, אם ניקח את אחד האסירים האלה ונוציא אותו מחוץ למערה, האם תוכל תודעתו להכיל את העולם שבחוץ? להבין אותו? האם לא ישתגע? האם לא ינסה לברוח בחזרה למערה, לעולם היחיד שהכיר והבין? ונניח שהצליח להסתגל לעולם שבחוץ. האם כאשר הוא יחזור לחבריו האסירים ויספר להם על העולם שבחוץ, ויותר מכך, העל האשליה של עולמם שלהם, האם יאמינו לו? אם יפציר בהם לבוא איתו החוצה, האם ילכו איתו?

העולם שלנו מורכב מחמשת החושים שלנו ומהאופן שבו המוח שלנו מפרש את האותות הנקלטים בהם ובונה מהם תמונת עולם. האם החושים שלנו מספרים לנו את האמת? מתארים לנו תמונה מלאה של העולם? או שהם מסתירים יותר משהם מגלים? מראים לנו תמונה מאוד מוגבלת של המציאות? האם המציאות היא כבירה יותר, אדירה יותר, מעבר ליכולת התפיסה שלנו?

הגדולה שבסרט מטריקס הוא בעצם זה שהוא מערער על עולם חמשת החושים שלנו ומציג כמה קל לשטות בהם ולתמרן את המוח. מי ששולט במוחנו שולט בעולמנו, בתפיסה העצמית שלנו. לכן כאשר מופיע אדם שהתעורר, עולם האשליה מתפורר לרסיסים. הוא יכול לצאת מתוך האשליה והוא גם יוכל לשלוט בה, לשחק בה כחומר ביד היוצר. לכן הסרט הזה עשה גלים והשפיע הרבה מעבר ליכולות התסריטאיות או אפילו מעבר לאפקטים המיוחדים שהופיעו כאן לראשונה. קודם כל הוא סרט של פילוסופיה.